日常的环境隔离、免疫接种和预防性投药外，不得不大量使用各种消毒药物，包括一些对人畜有害的消毒药物，如强碱、强酸、甲醛等。长期使用后，虽然各种细菌、病毒等病原体得到了消灭，但是对周围的水源、土壤所带来的环境污染，对人类的身体所带来的危害是十分严重的，作物将不再生长，养殖场工作人员及生活在周围的人们发生疾病的情况也将明显的增多。

   控制环境污染的对策
    l 科学合理的规划设计畜牧生产场地
    畜禽饲养场地应选择在离场区、居民点较远的地方，必须保证不对饮用水源产生污染，水源要充足，场内设施安排合理，特别应建造与饲养规模相配套的粪尿处理设施。如一个万头猪场需要建造500立方米左右的沼气发酵塔和500立方米左右的沼气贮气塔以及配套附属设施。
    2 发展农牧结合型的生态农业，推广环保型饲养模式
    通过推广立体养殖模式，建立生态养殖场，如畜林(果)种养结合、养养结合(养猪与淡水养殖结合)等，因地制宜，不断延长生物链，这样既能做到充分利用废物，又能就地解决畜禽粪便污染。
    3 有效控制畜禽粪便的排放量
    变废为宝生产有机肥，方法一是采取堆积发酵方式；方法二是采取固液分离、固体部分脱水烘干法；方法三是沼气发酵，通过这三种方法进行无氧、有氧发醇，不仅能将粪便内的各种细菌、病毒杀死，改善周围的环境，减少人畜共患病的发生，保证人民的身体健康，更有利于畜牧业的持续发展。同时也可合理利用沼气产生的能源，沼渣则可以作为改良土壤的优质有机肥来使用，能提高肥力，防止土壤板结和保持土壤的团粒结构。畜禽粪便本身是一种很好的有机肥，只要我们充分合理地利用，完全能够实现变废为宝，控制环境污染的目的。
    4 规范各类药物添加剂和消毒药物的使用
    在日常生产中，我们必须规范各类药物添加剂的使用，有效控制微量元素添加剂的使用浓度，严格禁止使用对人体有害的添加剂，如激素类药物添加剂等，大力提倡使用药物添加剂的替代物，如益生素(又称促生素，益生菌)、酶制剂、天然中草药等。对消毒药物的使用也必须进行规范，要有选择地尽量多的使用高效、低毒、广谱、无毒的消毒药物，尽可能少用或不用对人畜有害的、对环境造成污染的消毒药物，如强碱、强酸、醛类等消毒药，以避免由此造成的环境污染问题。
    5 科学使用一些解决畜禽粪便污染的添加剂
    一是在饲料中或在垫料中添加各类除臭剂，如沸石，它有较强的吸附能力，可减少粪臭的作用；又如美洲的植物丝兰的提取物，它有两种活性成分，一种可与氨气结合，另一种可与其它有害气体结合，从而能减少畜禽舍内的臭气味，目前，丝兰提取物在国外已广泛用来做畜舍的除臭剂；二是使用有效生物菌群类的添加剂，如EM(Effective Microorganisms)，它是一种微生态制剂的简称，这种物质目前国内有多家厂家生产，其最早是由日本硫球大学比嘉照天于80年代研制出，含有5科10属80种微生物。实践证明，使用EM饲喂畜禽不但可以增加畜禽营养，提高饲料利用率，提高生长速度，增强畜禽的免疫能力和抗病性，而且在环保方面，EM还可以消除粪尿恶臭，净化生态环境。因为EM当中含有酵母菌、乳酸菌等有效生物菌群，对有机固体物质进行发酵分解，同时光合菌、固氮菌等细菌可利用分解过程中产生的有害物质(沼气、氨气、硫化氢等)及分解产物(无机盐)进行合成，有效地降低了有毒有害物质的含量。
    6 依法制污
    要想从根本上解决由畜牧生产带来的众多环境污染问题，除了各级政府和部门的高度重视和关注外，必须要制订相应的有关防治畜牧业污染的法律法规，包括微量元素添加剂使用标准以及消毒药使用办法等。现在国家环保总局已相继出台了《畜禽养殖污染防治管理办法》、《畜禽养殖业污染物排放标准》；由国务院发布的《中华人民共和国饲料添加剂管理条例》；

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